随着高通量测序技术的发展，不同茶树种质资源的组学数据呈爆发式增长。为实现茶树种质资源基因型的数字化鉴定与管理，中国农业科学院茶叶研究所联合丽水市农林科学研究院、韩国国立园艺与草本研究院、阿塔图尔克大学等单位，开发完成茶树基因组变异数据库TeaGVD。……
随着高通量测序技术的发展，不同茶树种质资源的组学数据呈爆发式增长。为实现茶树种质资源基因型的数字化鉴定与管理，中国农业科学院茶叶研究所联合丽水市农林科学研究院、韩国国立园艺与草本研究院、阿塔图尔克大学等单位，开发完成茶树基因组变异数据库TeaGVD。相关成果以TeaGVD: a comprehensive database of genomic variations for uncovering the genetic architecture of metabolic traits in tea plants为题，发表在Frontiers in Plant Science（《植物科学前沿》）上。
该数据库整合鉴定超过7,000多万的基因组变异位点、1,229份茶树资源的基因型数据、464种代谢物的表型数据和17,974个基因型-表型关联位点。该数据库主要用于茶树种质资源基因组变异（SNP和InDel）的数字化管理与大数据在线分析，能够根据基因组位置、基因信息、材料比较、基因或变异编号等不同的策略检索基因组SNP和InDel。通过本平台还能够实现茶树种质资源的代谢表型查询及GWAS分析，快速挖掘性状相关的SNP和InDel位点。此外，本平台还整合了在线Blast、序列提取、引物设计、群体遗传分析等工具。
茶树基因组变异数据库为茶树种质资源的创新利用与共享提供了一个友好的平台，将推动茶树育种进入数字化、智慧化设计育种新时代。
该研究在国家重点研发计划、浙江省自然科学基金、浙江省农业新品种选育重大科技专项等项目的资助下完成。我所陈亮研究员与姚明哲研究员为共同通讯作者，陈杰丹副研究员与丽水市农林科学研究院何卫中研究员为共同第一作者。
日期：2022-12-07
来源: 食品世界，信息贵在分享，如涉及版权问题请联系删除 |
